Okres lęgowy większości gatunków ptaków trwa od 1 marca do 15 października. Natomiast okres lęgowy poszczególnych gatunków ptaków przypada w różnych terminach (np. bielika – od stycznia do lipca, wróbli – od lutego/marca do sierpnia, jerzyków – od maja do sierpnia). Może on ulegać nieznacznym przesunięciom w ciągu roku w zależności od warunków pogodowych.

Zgodnie z rozporządzeniem Ministra Środowiska z 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt w stosunku do zwierząt gatunków chronionych obowiązuje m.in. zakaz “umyślnego płoszenia lub niepokojenia w miejscach noclegu, w okresie lęgowym w miejscach rozrodu lub wychowu młodych, lub w miejscach żerowania zgrupowań ptaków migrujących lub zimujących, niszczenia, usuwania lub uszkadzania gniazd, czy niszczenia siedlisk lub ostoi, będących ich obszarem rozrodu, wychowu młodych, odpoczynku, migracji lub żerowania” (par. 6 ust. 1-3 rozporządzenia).

Jeżeli z różnych względów nie jest możliwe przeprowadzenie wycinki bez kolizji z tymi zakazami, np. ze względu na harmonogram prac budowlanych lub zagrożenie bezpieczeństwa, w szczególnie uzasadnionych sytuacjach, o których mowa w art. 56 ust. 4 ustawy o ochronie przyrody, możliwe jest uzyskanie zezwolenia na wykonanie tych czynności odpowiednio od regionalnego dyrektora ochrony środowiska lub Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska. Naruszenie zakazów w stosunku do gatunków chronionych stanowi wykroczenie (art. 131 pkt 14 ustawy). Zezwolenie z zakresu ochrony gatunkowej dołącza się do wniosku o usunięcie drzewa lub krzewu (art. 83b ust. 1 pkt 11 ustawy).

Organ właściwy do wydania zezwolenia na usunięcie drzewa lub krzewu przed jego wydaniem dokonuje oględzin pod kątem występowania w ich obrębie gatunków chronionych. Jeśli stwierdzi, że usunięcie drzewa lub krzewu spowoduje naruszenie zakazów w stosunku do gatunków chronionych, postępowanie jest zawieszane do czasu przedłożenia zezwolenia (art. 83c ust. 1 i 2).

Nie ma potrzeby występowania o zezwolenie na usunięcie gniazd ptasich z obiektów budowlanych lub terenów zieleni, jeżeli drzewa lub krzewy będą usuwane poza sezonem lęgowym (czyli od 16 października do końca lutego). Warunkiem są względy bezpieczeństwa lub sanitarne – zgodnie z par. 9 pkt 2 rozporządzenia. Z kolei w przypadku np. montowania kratek w otworach wentylacyjnych, zamykania okiennic na strychach czy uszczelniania budynków w inny sposób, trzeba uzyskać zezwolenie na odstępstwo od zakazu niszczenia siedlisk gatunków objętych ochroną.